
细胞景观、可视化、交互网络,软件,遗传,基因,表达,蛋白质相互作用,图形,生物信息学,计算生物学,加州大学圣迭戈分校,怀特黑德研究所,系统生物学研究所,微阵列分析,聚类,途径,整合,算法,统计分析、基因调控、复杂网络、社交网络
什么是Cytoscape?
Cytoscape是一个开源软件平台,用于可视化分子相互作用网络和生物途径,并将这些网络与注释,基因表达谱和其他状态数据集成。虽然Cytoscape最初是为生物学研究而设计的,但现在它是复杂网络的通用平台。 分析和可视化。Cytoscape 核心分布为数据集成、分析和可视化提供了一组基本功能。其他功能可作为应用程序(以前称为插件)提供。应用程序可用于网络和分子分析、新布局、其他文件格式支持、脚本以及与数据库的连接。 任何人都可以使用基于 Java™ 技术的 Cytoscape 开放 API 开发它们,并鼓励应用程序社区开发。大多数应用程序都是免费提供的 来自Cytoscape App Store。
你能用Cytoscape做什么?
生物学
Cytoscape支持分子和系统生物学、基因组学和蛋白质组学中的许多用例:
加载分子和遗传相互作用数据 设定许多标准 格式
投影和集成全局数据集和功能注释
跨这些数据建立强大的可视化映射
使用 Cytoscape 应用程序执行高级分析和建模
可视化和分析人工策划的路径数据集,如WikiPathways,Reactome和KEGG。
数据统计
数据评估
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