cytoscape.org

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什么是Cytoscape？
Cytoscape是一个开源软件平台，用于可视化分子相互作用网络和生物途径，并将这些网络与注释，基因表达谱和其他状态数据集成。虽然Cytoscape最初是为生物学研究而设计的，但现在它是复杂网络的通用平台。 分析和可视化。Cytoscape 核心分布为数据集成、分析和可视化提供了一组基本功能。其他功能可作为应用程序（以前称为插件）提供。应用程序可用于网络和分子分析、新布局、其他文件格式支持、脚本以及与数据库的连接。 任何人都可以使用基于 Java™ 技术的 Cytoscape 开放 API 开发它们，并鼓励应用程序社区开发。大多数应用程序都是免费提供的 来自Cytoscape App Store。

你能用Cytoscape做什么？
生物学
Cytoscape支持分子和系统生物学、基因组学和蛋白质组学中的许多用例：

加载分子和遗传相互作用数据 设定许多标准 格式
投影和集成全局数据集和功能注释
跨这些数据建立强大的可视化映射
使用 Cytoscape 应用程序执行高级分析和建模
可视化和分析人工策划的路径数据集，如WikiPathways，Reactome和KEGG。